부산 본부를 두고 있는 한국노총 산하 선원노련과 민주노총 소속 민주연합선원노련간 조합원 확보 세력다툼 노노갈등이 본격화됐다. 전국선원노련과 수산분야 선원근로자 영역다툼을 둘러싼 노노갈등 시작으로 결국 법정소송으로 번지고 있다.

현재 전국 상선과 수산분야 활동중인 선원노동조합은 한노총 산하 선원노련에 7만여명이 가입 활동중이다. 그러나 수년전 민노총에서 부산지역과 제주 보령지역에 지부를 설립하고 본격적인 수산선원 분야 세력 확보 활동에 들어갔다. 이에대해 선원노련은 기존 영역을 지키려는 태스크포스팀을 꾸려 즉각 대응에 나섰다.

전국수산노조(구, 부경수산노조 위원장 구인석)는 선원노련을 탈퇴하고 민노총 소속으로 갈아탔다. 이처럼 민노총과 한노총간 노노갈등이 본격화되면서 전국수산노조는 해수부 해운물류국에 공동교섭단을 신청했으나 거절 당했다.  전국수산노조는 조합원 1인당 매월 3,4만원으로 사무국을 운영하고 있으며 선주로부터 한푼도 복지기금을 받지 않고 있다고 밝혔다. 관계자는 복수노조 활동으로 공동교섭단 신청시 정부가 이를 받아 들이지 않고 단독으로 처리해 소송을 제기했다.

선원복지기금은 외국인 선원을 고용한 국적외항 선주가 1인당 월 40달러의 복지기금을 선원노련에 납부해 조성된다. 외국인 혼승기금은 1인당 30달러로 노사간 체결한 단체 협약에 따라 선원복지기금은 한국인 선원의 고용환경 개선과 복지 향상을 위해 지출돼야 한다. 동 기금은 점차 줄어드는 한국인 선원 고용을 독려하고 열악한 고용환경을 개선하기 위해 마련됐다

. 08년부터 노사협의로 외국인 일인당 1만원에 대한 발전기금은 전국해운노조협의회 납부하고 있다. 이밖에 민노총산하 전국민주선원노동조합연합은 부산과 제주 보령지역 3개 수산선원노조에서 결성된 단체로 알려졌다.